A Quantabio publicou uma nota de aplicação sobre o uso do repliQa HiFi ToughMix em fluxos de trabalho de PCR multiplex voltados para aplicações de sequenciamento de nova geração, NGS.
Sobre o estudo
O material demonstra o desempenho do repliQa HiFi ToughMix na amplificação multiplex do genoma de SARS-CoV-2, utilizando o Midnight primer panel e sequenciamento por Oxford Nanopore Technologies, ONT.
A PCR multiplex é uma abordagem que permite amplificar múltiplos alvos em uma única reação. Em aplicações de NGS, essa estratégia exige uma polimerase capaz de manter amplificação balanceada entre diferentes regiões, minimizando viés e contribuindo para uma cobertura genômica uniforme.
Principais pontos apresentados
- Amplificação multiplex rápida do genoma de SARS-CoV-2.
- Uso do repliQa HiFi ToughMix com tempos de extensão a partir de 30 segundos.
- Manutenção de cobertura uniforme de todo o genoma.
- Aumento do rendimento de produto de PCR com tempos de extensão mais longos.
- Aplicação em fluxos de trabalho baseados em sequenciamento ONT.
- Compatibilidade com aplicações de sequenciamento direcionado e amplicons longos.
Resultados destacados
Segundo a nota de aplicação, o repliQa HiFi ToughMix permitiu a amplificação dos pools de primers multiplex com tempo de extensão tão curto quanto 30 segundos, mantendo cobertura genômica uniforme. O estudo também observou que o aumento do tempo total de extensão resultou em maior rendimento de PCR, sem comprometer a cobertura do genoma de SARS-CoV-2.
As métricas de sequenciamento, incluindo número total de reads e porcentagem de reads mapeadas, foram comparáveis entre as condições avaliadas. A análise de cobertura indicou perfis semelhantes entre PCR multiplex e controle singleplex, sugerindo que a reação multiplex com repliQa HiFi ToughMix não comprometeu a representação das regiões genômicas avaliadas.
Aplicações relacionadas
A nota também contextualiza o uso do repliQa HiFi ToughMix em diferentes fluxos de trabalho publicados, incluindo aplicações em vigilância genômica viral, genotipagem de patógenos, genes de resistência a medicamentos e sequenciamento de amplicons longos.
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